Спор царя и митрополита не касался вопроса об отношениях между светской и духовной властью, однако его исход наложил глубокий отпечаток на взаимоотношения государства и церкви в последующее время. Именно после низложения митрополита Филиппа царь стал по своему произволу низлагать с кафедр неугодных епископов, подвергать суровым наказаниям, а то и смертной казни протопопов и настоятелей монастырей, налагать руку на имущество церкви. Были аннулированы уступки духовенству, сделанные в годы работы Стоглавого собора и как-то ограничивавшие власть царя над духовным сословием. Так, была возобновлена практика выдачи «несудимых» грамот, непосредственно подчинявших власти монарха (и соответственно — изымавших из-под судебно-административной власти епископов) те или иные группы приходского духовенства или монастыри. Церковь в России приобретала характер «служилого» сословия, подчиненного контролю и руководству государственной власти.